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1.A complete workflow for the analysis of full-size ChIP-seq (and similar) data sets using peak-motifs

作者：Morgane Thomas-Chollier ; Elodie Darbo ; Carl Herrmann ; Matthieu Defrance ; Denis Thieffry ; Jacques van Helden

关键词：Computational biology ; Genomics

刊名：Nature Protocols

出版年：2012

2.Analyzing multiple data sets by interconnecting RSAT programs via SOAP Web services—an example with ChIP-chip data

作者：Olivier Sand ; Morgane Thomas-Chollier ; Eric Vervisch ; Jacques van Helden

刊名：Nature Protocols

出版年：2008

3.Using RSAT oligo-analysis and dyad-analysis tools to discover regulatory signals in nucleic sequences

作者：Matthieu Defrance ; Rekin' ; s Janky ; Olivier Sand ; Jacques van Helden

刊名：Nature Protocols

出版年：2008

4.Using RSAT to scan genome sequences for transcription factor binding sites and cis-regulatory modules

作者：Jean-Valery Turatsinze ; Morgane Thomas-Chollier ; Matthieu Defrance ; Jacques van Helden

刊名：Nature Protocols

出版年：2008

5.Network Analysis Tools: from biological networks to clusters and pathways

作者：Sylvain Brohée ; Karoline Faust ; Gipsi Lima-Mendez ; Gilles Vanderstocken ; Jacques van Helden

刊名：Nature Protocols

出版年：2008

6.Discovery of functional elements in 12 Drosophila genomes using evolutionary signatures

作者：Alexander Stark ; Michael F. Lin ; Pouya Kheradpour ; Jakob S. Pedersen ; Leopold Parts ; Joseph W. Carlson ; Madeline A. Crosby ; Matthew D. Rasmussen ; Sushmita Roy ; Ameya N. Deoras ; J. Graham Ruby ; Julius Brennecke ; Harvard FlyBase curators ; Berkeley Drosophila Genome Project ; Emily Hodges ; Angie S. Hinrichs ; Anat Caspi ; Benedict Paten ; Seung-Won Park ; Mira V. Han ; Morgan L. Maeder ; Benjamin J. Polansky ; Bryanne E. Robson ; Stein Aerts ; Jacques van Helden ; Bassem Hassan ; Donald G. Gilbert ; Deborah A. Eastman ; Michael Rice ; Michael Weir ; Matthew W. Hahn ; Yongkyu Park ; Colin N. Dewey ; Lior Pachter ; W. James Kent ; David Haussler ; Eric C. Lai ; David P. Bartel ; Gregory J. Hannon ; Thomas C. Kaufman ; Michael B. Eisen ; Andrew G. Clark ; Douglas Smith ; Susan E. Celniker ; William M. Gelbart ; Manolis Kellis ; Harvard FlyBase curators ; Berkeley Drosophila Genome Project

刊名：Nature

出版年：2007

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