不同营养条件下Fuligo leviderma原生质团转录组分析

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• 论文作者：亓宝 ; 李姝 ; 王琦
• 年：2016
• 作者机构：吉林农业大学;
• 论文关键词：Fuligo leviderma ; 转录组 ; 营养
• 会议召开时间：2016-08-19
• 会议录名称：中国菌物学会2016年学术年会论文摘要集
• 英文会议录名称：Abstracts of 2016 Mycological Society of China Annual Meeting
• 语种：中文
• 分类号：Q949.31
• 学会代码：ZGVL
• 会议名称：中国菌物学会2016年学术年会
• 会议地点：中国福建福州
• 主办单位：中国菌物学会
• 学会名称：中国菌物学会
• 页数：1
• 文件大小：486k
• 原文格式：D
• 会议级别：全国

摘要

本研究设置六组实验模型,采用转录组测序手段,对黏菌Fuligo leviderma原生质团在不同营养条件下的基因表达情况进行了研究。处于原生质团阶段的Fuligo leviderma,共表达了207846个基因,其中参与细胞代谢相关功能的基因占据较大比例,而与细胞聚集、迁移等行为相关的功能基因数量较少。表明给予黏菌原生质团一定营养物质后,细胞的代谢活动优于细胞的迁移活动。我们分别给予Fuligo leviderma水、燕麦、大肠杆菌作为营养源以及添加Amp抗生素抑制其内细菌的活动,结果发现Fuligo leviderma原生质团可以以燕麦和细菌作为食物来源,但在加了Amp的燕麦培养基上生长受抑制,说明Fuligo leviderma对燕麦的利用需要内生细菌的帮助。相对于水琼脂培养基在燕麦和细菌培养基上生长的原生质团分别有4200个和6032个基因发生了上调表达,但两者之间仅有极少部分即173个基因是共同的。提示虽然Fuligo leviderma在燕麦培养基上对燕麦的利用也是通过内生细菌介导的,但这一利用方式与直接消化外源大肠杆菌的利用方式是不同的。在有燕麦和大肠杆菌同时作为营养源时黏菌可能优先利用大肠杆菌作为营养物质而非燕麦。

引文

李玉,李惠中,王琦,等.中国真菌志-黏菌卷一[M].北京:科学出版社.2008
    Stephenson SL,Stempen H.Myxomycetes,a handbook of slime molds[M].Timber Press,Portland,Oregon.1994
    Gray WD,Alexopoulos CJ.Biology of Myxomycetes[M].New York:Ronald Press.1968.
    Alexopoulos CJ.The Myxomycetes II[J].Botanical Review,1963,29(1):1-78
    Bonner JT.Brainless behavior:a myxomycete chooses a balanced diet[J].Proc Natl Acad Sci USA,2010,107:5267-5268
    Kalyanasundaram I.A positive ecological role for tropical Myxomycetes in association with bacteria[J].Systematics and Geography of Plants,2004,74(2):239-242
    Li B,Dewey CN.RSEM:accurate transcript quantification from RNA-Seq data with or without a reference genome.BMC Bioinformatics[J].BMC bioinformatics,2011,12:323
    Trapnell C,Williams BA,Pertea G,et al.Transcript assembly and quantification by RNA-Seq reveals unannotated transcripts and isoform switching during cell differentiation[J].Nat Biotech 2011,28:511-515
    Anders S,Huber W.Differential expression analysis for sequence count data[J].Genome Biology,2010,11:R106