坛紫菜（Porphyrahaitanensis）丝状孢子体EST的获取及其生物信息学分析

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• 出版年：2004
• 作者：庞国兴；王广策；胡松年；曾呈奎
• 单位1：中国科学院海洋研究所
• 学历：硕士
• 作者关键词：坛紫菜；EST；GC含量；密码子
• 起始页：452
• 总页数：7
• 经费资助：国家自然科学基金面上资助项目，40476059、30170499、30250003、398900390号；中国科学院知识创新重要方向性项目，KZCX2-211号；中国科学院海洋研究所知识创新方向性项目（No. 2002-2005）和海洋863项目（No.2004AA603220）
• 刊名：海洋与湖沼
• 是否内版：否
• 刊频：双月刊
• 创刊时间：1957
• 主办单位：中国海洋湖沼学会
• 主编：相建海
• 地址：青岛南海路7号
• 邮编：266071
• 电子信箱：bsun@ms.qdio.ac.cn
• 卷：36
• 期：5
• 期刊索取号：P\226.06\449

摘要

采用改进的一步法提取坛紫菜丝状孢子体的总RNA，构建了坛紫菜丝状孢子体的cDNA文库，对测序得到的EST进行分析并与条斑紫菜的EST相比较。结果表明，cDNA文库共包含2.5 x 10^5个克隆，测序得到490个EST，其中275个与已知功能因同源, 占56.1%，260 个 EST与已知的条斑紫菜 EST同源，占53.0%。使用GO （Gene Ontology）分类方法对275个EST进行分类，其中226个可归属于细胞组分（Cellular component）、分子功能（Molecular function）和生物学过程（Biological process）三个大类，而其余49个则为未知功能的EST。挑选出与条斑紫菜同源性高的28个EST，这些EST所包括的密码子数为3221个，发现密码子第三位的平均GC含量远高于第一位的平均GC含量和第二位的平均GC 含量。统计坛紫菜丝状孢子体3221个密码子的使用频率，发现同义密码子第三位碱基偏好使用G或C。