一种用于检测黄头病毒新株型(YHV-8)的实时环介导等温扩增方法(real-time LAMP)的建立

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• 英文论文题名：A novel method of real-time reverse-transcription loop-mediated isothermal amplification developed for rapid and quantitative detection of a new genotype(YHV-8) of Yellow head virus
• 论文作者：杨昊琳 ; 邱亮 ; 刘群 ; 万晓媛 ; 刘笋 ; 朱罗罗 ; 杨冰 ; 张庆利 ; 黄倢
• 英文论文作者：YANG Haolin ; QIU Liang ; LIU Qun ; WAN Xiaoyuan ; LIU Sun ; ZHU Luoluo ; YANG Bing ; ZHANG Qingli ; HUANG Jie ; Yellow Sea Fisheries Research Institute ; Chinese Academy of Fishery Sciences
• 年：2016
• 作者机构：农业部海洋渔业可持续发展重点实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所;上海海洋大学;
• 论文关键词：黄头病毒 ; 新株型 ; 环介导等温扩增 ; 聚合酶链式反应 ; 对虾
• 英文论文关键词：YHV ; new genotype ; LAMP ; PCR ; shrimp
• 会议召开时间：2016-11-02
• 会议录名称：2016年中国水产学会学术年会论文摘要集
• 语种：中文
• 分类号：S945.4
• 学会代码：OGSB
• 会议名称：2016年中国水产学会学术年会
• 会议地点：中国四川成都
• 主办单位：中国水产学会、四川省水产学会
• 学会名称：中国水产学会
• 页数：1
• 文件大小：537k
• 原文格式：D
• 会议级别：全国

摘要

2012年,我们在中国养殖场的一批患早期死亡综合征/急性肝胰腺坏死症的中国明对虾中发现了一株黄头病毒(YHV)新株型,拟命名为YHV-8。本文建立了一种实时荧光一步RT-LAMP方法,此方法可以很好的用于检测YHV-1和YHV-8。本研究基于黄头病毒基因组的一段保守序列设计了6条特异性引物。优化后的LAMP体系中,包含8mM的Mg2+和1.5mM的d NTPs,在58℃反应60分钟。这个RT-LAMP方法的检测灵敏度能够达到7拷贝/反应。为检测本方法的特异性,我们用其测试了患TSV,WSSV,IHHNV,HPV和SPF对虾组织的总RNA,显示无非特异性反应存在。标准曲线表现出很高的相关系数,表明本方法适合于进行定量研究。本实验还运用新建立的RT-LAMP方法,对几批养殖对虾样品进行了检测。结果表明,111份凡纳滨对虾样品中,有3份阳性。8份中国明对虾样品中,有6份阳性。19份罗氏沼虾样品中,有5份阳性。9份日本对虾样品均未阴性。本研究表明,新建立的r RT-LAMP方法适合于快速灵敏的检测黄头病毒。
A new genotype of YHV, designated as YHV-8, was found in farmed shrimp F.chinensis suffering suspectedly from EMS/AHPNS in China in 2012. In this study, a one-step,r RT-LAMP assay was developed for better detection of both genotypes of YHV-1 and YHV-8. The LAMP reaction was optimized to contain 8 m M Mg2+ and 1.4 m M d NTPs, and be performed at58 ℃ for 60 min. The detection sensitivity of the r RT-LAMP method was as low as 7×100copies/reaction. The specificity of the method was validated by the absence of any cross-reaction with the RNA samples extracted from other shrimp viruses and specific pathogen free(SPF)shrimp. The resulting standard curves showed high correlation coefficient values.

引文