不同发育时期黄绿卷毛菇的比较转录组分析
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摘要
为探究青藏高原特有真菌黄绿卷毛菇(Floccularia luteo-virens)的生长发育机制,完善其遗传背景,本研究通过高通量测序平台(Illumina)对幼年期与成年期的黄绿卷毛菇进行转录组测序,利用数据库对拼接后得到的基因进行NR、NT、GO、KEGG注释,利用软件RSEM、DESeq进行表达量统计和差异表达分析,挖掘生长发育相关基因,最后对其中四条基因的分析结果进行q RT-PCR验证。主要结论如下:(1)测序原始数据为11.14 Gb,有效数据为10.37 Gb,拼接后得到22 122条Unigene,平均长度为1 080.74 bp;(2)分别有65.08%、13.68%、53.58%、20.84%的基因在NR、NT、GO、KEGG数据库中得到了注释;(3)41.74%的基因为共表达基因,54.18%的基因仅在幼年期中表达,2.71%的基因仅在成年期中表达;(4)11.73%的基因为差异表达基因,上调基因占0.89%,下调基因占10.84%;(5)GO分析显示,差异表达基因主要富集于生物学过程中的细胞过程与代谢过程、分子功能中的结合与催化活性、细胞组分中的细胞组分与细胞;(6)KEGG分析显示,差异基因主要富集于代谢系统中的氧化磷酸化通路、环境信息处理过程中的PI3K-Akt信号通路、遗传信息处理过程中的核糖体通路、细胞过程中的吞噬体通路;(7)与ATP合成酶、泛素、GTP结合蛋白、热激蛋白、疏水蛋白、过氧化物酶、硫酯酶相关的基因可能为子实体生长发育相关基因;(8)对四条基因的q RT-PCR验证结果与理论相符。
引文
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